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首先，分公司需要确定员工的工资标准，包括底薪、加班费、奖金、福利等。如果分公司招募了外籍员工或者特殊身份的员工，还需要了解有关税务和社保方面的政策规定。在制定员工工资标准时，需要充分考虑员工的实际工作贡献和市场薪酬水平。
分公司需要在当地税务部门注册并注册公司财务账户，并获取相关的税务和财务许可证。另外，分公司需要制定完整的员工薪资管理流程，建立健全的财务账户，并配备专业的财务人员。在测算员工工资时，需要将员工的福利和税务计算在内，确保员工实际领到的工资符合当地政策规定。
分公司需要制定薪资的发放周期、方式和规范。发放周期根据公司法规和当地政策规定选择，发放方式则建议选择网银转账等电子方式发放，以确保员工收到的薪资及时、安全。同时，分公司还应当建立员工薪资档案，对于员工的工资、奖金、福利进行详细的记录和核算，对于税务审计和公司的内部审计具有重要的参考价值。
在处理员工薪资时，分公司需要考虑到税务方面的问题，例如个税的缴纳和汇缴。为了避免员工因为税务问题而面临重大的财务索赔，分公司需要制定良好的员工税务筹划方案，对员工支付过程中的税务情况进行全面的了解和解释。此外，分公司还需要不断更新相关的税务政策和法规，确保薪资管理的合法性、合规性。
随着信息技术的不断进步，分公司可以采用专业的薪酬管理软件进行工资处理和包括薪酬发放等相关工作。薪酬管理软件可以自动处理员工的工资和社保情况，并能够提供精准的薪资数据统计和分析，在掌握企业的薪资结构和薪资分布情况的同时，为企业领导提供优质的决策支持。
总之，在分公司做账工资方面，分公司需要了解当地税务和劳动法规以及相关的公司管理法规，建立健全的财务体系和薪酬管理制度，着重考虑公司的特殊性和员工的实际情况，通过有效的税务筹划和专业化的薪酬管理软件等手段，确保企业的薪资管理工作做到合法、准确、规范。
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