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一、库存有商品处理办法 1.账面库存与实物库存不符时，首先进行库存商品盘点。如果账面库存大于实际库存，说明有商品销售不记账，将账面库存金额大于实物库存的差额计算补交增值税；如果账面库存小于实际库存，说明有购进货物不记账，应将货物退还给销货方。 2.账面库存与实物库存相符时，根据《财政部关于增值税若干问题的通知》（财税〔〕165号）第六条规定，一般纳税人注销时，其存货不作为进项税额转出处理，其留抵税额也不予退税。也就是说，当账面库存与实物库存相符时不补交增值税，因为，“应交税费——应交增值税”会计科目贷方反映“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”等内容，不作进项税额转出处理就是不补交增值税。 二、库存无商品但有留抵税额处理办法 1.期末留抵税额是由于本期进项税额大于本期销项税额形成的。如果没有库存，期末仍然有留抵税额，原因有二：其一，售价低于成本销售，其二，销售商品不计收入，但销售成本已结转。 2.处理办法。如果是因管理不善造成售价低于成本销售，存货可以作为资产损失专项申报，在营业外支出列支，留抵税额做进项税额转出；如果是市场原因造成售价低于成本销售，根据财税〔〕165号文件规定，留抵税额不予退税。如果属于销售商品不计收入，但销售成本已结转，应做无票收入处理，补交增值税，属于逃税的按征管法规定处罚。
根据《财政部关于增值税若干政策的通知》（财税[]165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，贵公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。 根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条的规定，企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。
企业注销前先由国，地税稽查，如果国税稽查后确实有留抵税额，税局将退回末抵扣完的增值税额
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