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分公司可以作为独立的会计主体设立账户，单独核算，单独报税。
与子公司不同，它没有实收资本，总公司支付给分公司的款项一般体现在公司的往来账户中，如“其他应付款3354总公司”。
所得税的缴纳实行“统一计算、分级管理、地方预缴、汇总汇算清缴、财政划转”的办法。二级分支机构及其下属机构由二级分支机构集中和就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不在当地预缴企业所得税，其营业收入、员工工资、资产总额统一纳入二级分支机构。
总机构和分支机构预缴的企业所得税，50由分支机构分摊，50由总机构预缴。机构预收款项总额中，25就地入库，25预缴中央国库，按照财预〔2008〕10号文件有关规定进行分配。
各分支机构应于每月或每季度结束后15日内，提前向当地主管税务机关申报其所得税份额。
总机构根据分支机构营业收入、员工工资、资产总额三项因素(1-6月按上年，7-12月按上年)计算各分支机构应纳税额比例。三个因素的权重依次为 、 、 。计算公式如下：一个分支机构的分配比例= (该分支机构营业收入之和/所有分支机构) (该分支机构工资总额/所有分支机构) (该分支机构资产总额/所有分支机构)
蜀明号123号文件(国税发〔2008〕28号)第十三条规定，新设立的分支机构，设立当年不在当地缴纳企业所得税。
扩展信息：
相信很多创业者都思考过如何异地做账。在分支机构的核算上，分支机构分为独立核算分支机构和非独立核算分支机构。接下来我们来看看异地分公司应该怎么做账。
第一，总公司和分公司独立核算，双方只需挂一个活期账户进行核算即可。
注：独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，有一定的资金，在当地银行开户；独立开展业务活动，能够与其他单位签订经济合同；独立核算盈亏，单独设置会计机构并有会计人员，有完整的会计组织体系。
二、如果不是独立核算，就要设置企业所得税，按法人企业缴纳企业所得税。
注：非独立核算，又称报账制，是指每日或定期向上级单位报送与本单位业务经营活动有关的日常业务信息，由上级单位进行核算。非独立核算单位的特点是：一般由上级拨付一定数额的流动资金从事经营活动，所有收入全额上缴，所有费用向上级报销。不单独计算损益，只记录和计算几个主要指标进行简单核算。
但需要注意的是，无论是独立核算还是非独立核算的分支机构，只要有独立的业务，都应该设置独立的会计账簿。非独立核算分支机构是为了经营管理方便，独立核算是税收征管法的要求。
分公司有自己的营业执照，单独办理税务登记的，与总公司和分公司的账务处理。然后分公司就有自己的账户了。总公司和分公司的账目是独立核算的。自己交税。等于两个独立的公司。分公司不独立核算的，所有业务都要在总公司的账户上反映。分公司没有自己的利润和所得税。账户
非独立核算分支机构账户一般非独立核算分支机构不做账。因为报账制，根本不需要会计分录；想做账，几张EXCEL表就能解决问题。为了控制分公司的费用和收入，分公司一般实行收支两条线，即分公司的收入由客户直接汇给总公司，分公司的费用由总公司汇给分公司，收入支出很少上缴。所以你只需要根据你的收入和支出去总公司报销就可以了。收入根据发票金额与总公司账户收到的款项或现金进行核对，费用根据分公司的费用发票进行核对。唯一要记住的是，当初总公司拨给分公司的启动资金(相当于总公司一个部门的备用金)。如果必须使用会计分录，开票时应根据会计分录(不确认收入)借3360应收账款-客户贷款3360其他应付款-总公司。
1.客户直接汇给总行借：其他应付款——总行借：应收账款——客户。
2.收到33，360应收账款33，360现金贷款的现金贷款——客户还借给总公司33，360其他应付款——总公司会借出33，360现金到月底，分公司账户的应收账款和其他应付款会一直等着。
只要分公司保持每日流水账。分公司不是独立的市场经济主体，不具备独立的会计核算体系。分公司只是总公司的地方机构和单位。所以分公司只能根据总公司的安排从事销售、采购等工作，总公司负责开票、收款、付款。但分公司必须做好日常的定时订货，按货物分类记账。这样总公司就可以对了。
如果一个总公司有三个分公司，要根据分公司是否独立核算进行不同的账务处理。
比如分公司独立核算，日常核算由分公司来做。总公司需要合并分公司的账目。如果分公司在会计上不独立，日常凭证报销、会计核算、纳税申报都要由总公司来做。
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